Visualisierung von Primatenbäumen

Stanislav Drobyshevsky veröffentlichte Anfang des Jahres einen detaillierten Baum über die Herkunft der Primaten . PDF-Version

Kommentatoren von Vkontakte forderten eine interaktive Version ( 1, 2, 3, 4 ) an, da das Erlernen und Aktualisieren einfacher ist, wenn neue Daten angezeigt werden.

Olya Mokhova und ich beschlossen, der Paläo-Primatologie zu helfen, und machten einen Prototyp für d3js.

Links ist das Originaldiagramm, rechts ist unsere Version:

Projektseite

Ich werde Ihnen sagen, wie die Arbeit gelaufen ist und welche Techniken uns geholfen haben.

Zweck

Zuerst wollen wir ein populärwissenschaftliches Schema erstellen, eine fortgeschrittenere Version des berühmten Bildes:

Aber dazu gibt es bereits ein hervorragendes Projekt von Gleb Krauklish .

Wir beschließen, den anderen Weg zu gehen: ein Prototypsystem für die Aggregation archäologischer Daten zu erstellen. Natürlich möchte ich ein Megaprojekt mit der Bewegung tektonischer Platten, Fotos von Funden, detaillierten Informationen zu jedem Taxon, Links zu Wikipedia und einer Grafik der durchschnittlichen Jahrestemperatur erstellen. Wir beschließen jedoch, zunächst eine interaktive Version des vorhandenen Schemas zu erstellen.

Design

In der ursprünglichen Schaltung wird fast nie Farbe verwendet. Sie können beispielsweise mit Farbe anzeigen, auf welchem ​​Kontinent das Tier gefunden wurde.

Ich möchte auch die Hierarchie der Taxa (Gruppen von Organismen) klarer darstellen.

Ich mache die erste Skizze:

Fragen stellen sich sofort. Zum Beispiel: "Sollten familiäre Bindungen irgendwie von der Verschachtelung von Taxa abhängen?" Wir müssen uns in Wikipedia vertiefen , etwas über Kladistik und Monophilie lernen. Ich erfahre von Stanislav, dass das Diagramm keine Kladistik enthält, was bedeutet, dass der Baum der Familienbande nicht mit der Verschachtelung von Taxa zusammenfallen muss.

Ich zeichne ein Stück der Schaltung mit ähnlichen Daten wie echte. Ich versuche, die unbequemsten Daten zu verwenden, um so viele Kegel wie möglich in der Layoutphase zu sammeln. Ich nehme Namen, die nicht passen. Ich zeige, wie der Wert des Schiebereglers einem anderen Text überlagert wird.

Datenbank

Das Projekt wird auf Github-Seiten gehostet. Zunächst wollten wir Daten in einer Google-Tabelle vorbereiten, dann in CSV konvertieren und in einen Github übertragen. Aus diesem Grund haben wir uns entschlossen, die Daten direkt aus der Google-Tabelle zu laden.

Vorteile dieser Lösung:

• Stanislav Drobyshevsky kann die Daten ohne unsere Hilfe ändern.
• Im Entwicklungsprozess war es oft notwendig, Fehler zu korrigieren und eine andere Datenreihenfolge auszuprobieren. Google Table hat uns viel Zeit gespart.

Nachteile:

• Es wird etwas länger geladen, ist aber nicht kritisch.
• Wenn Sie die Daten in der Tabelle verderben, bricht die Site ebenfalls sofort zusammen. In der Google-Tabelle wird jedoch ein Änderungsverlauf gespeichert. Im Falle eines Problems können Sie auf die alte Version zurücksetzen. Sie können das Arbeitsblatt auch duplizieren, bevor Sie Änderungen vornehmen, und das Duplikat als Sicherung verwenden.

Daten kopieren

Die Hauptschwierigkeit ist die tiefe Verschachtelung von Taxa. Hier ist eine Liste aller Ränge:

1. Friedenstruppe
2. Ablösung
3. Unterordnung
4. Infra-Kader
5. Parvotryad
6. Überfamilie
7. Familie
8. Unterfamilie
9. Art

Um das Kopieren von Daten und deren Überprüfung zu vereinfachen, habe ich farbige Würfel auf die Schaltung gemalt. Farbe bedeutet den Rang des Taxons, die Namen sind oben signiert.

Vollversion

Lelya Kolesnikova kam zur Rettung. Es kopiert die Daten aus dem PDF in eine Tabelle mit 300 Zeilen. Natürlich möchte ich den Prozess automatisieren, aber das ist schwierig: Einige der Nuancen sind selbst bei manueller Übertragung nicht offensichtlich.

Grafik

Bilder helfen, eine monotone Leinwand zu diversifizieren und sich grob vorzustellen, wie die Vertreter von Taxa aussehen. Wir rufen das Illustrator-Projekt an. Tatyana Sergeevna macht sich an die Arbeit.

Wir diskutieren die Referenzen:

Wir wählen Fotos und Rekonstruktionen typischer Vertreter aus, zeichnet Tanya. Einige geometrische Darstellungen helfen dabei, von den Details abzulenken, die von Art zu Art sehr unterschiedlich sind.

Datenüberprüfung

Beim Übertragen von PDF auf Daten haben sich Fehler eingeschlichen. Bevor wir Stanislav das Schema zeigen, überprüfen wir uns selbst.

1. Jedes Land sollte sich nur auf einen der Kontinente beziehen. Ich überprüfe diese Übereinstimmung mit einer Schwenkplatte:

.

1. Um das Überprüfen der Perioden zu vereinfachen, schreibe ich ein Miniskript auf d3, das den Anfang und das Ende der Perioden direkt in der Tabelle anzeigt. Dies war von Anfang an notwendig.

1. Manchmal sind die Namen von Taxa ähnlich, aber tatsächlich unterschiedlich. Um mich vor solchen Fehlern zu schützen, füge ich neben Taxon-Spalten Hash-Bilder ein. Wenn sich zwei Wörter um mindestens einen Buchstaben unterscheiden, unterscheiden sich die Bilder höchstwahrscheinlich und es wird ein Fehler erkannt:

Bilder werden von http://avatars.adorable.io/ geladen

Schwierigkeiten

Im Laufe der Arbeit tauchen interessante Probleme auf, die wir mit Stanislav diskutieren.

Zum Beispiel stammen einige Taxa von späteren. Zum Beispiel Amphipithecidae → Oligopithecinae → Perupithecus ucayaliensis. Dies ist natürlich nicht möglich, nur frühere Vertreter von Amphipithecidae und Oligopithecinae wurden noch nicht gefunden. Wir beschließen, das Elterntaxon in der Vergangenheit künstlich zu erhöhen:

Zuerst dachten wir, dass Verbindungen nur zwischen „Steinen“ möglich sind, aber dann stellte sich heraus, dass wir die Fähigkeit benötigen, alle Taxa zu verbinden: sowohl „Steine“ als auch „Rahmen“. Wir müssen die problematischen Verbindungen bisher entfernen (aus den Infra-Detachment EOSIMIIFORMES)

Manchmal tauchen interessante Dinge auf:

Für die Zukunft

• Die maximale Aufgabe besteht darin, eine Basis aus archäologischen Funden zu erstellen und diese in diesem Diagramm darzustellen. Jetzt ist nicht klar, woher all diese Streifen kamen und welche archäologischen Funde dahinter stecken.
• Fügen Sie die Fähigkeit hinzu, zwischen Taxa eines beliebigen Ranges zu kommunizieren. Jetzt können nur noch Steine ​​miteinander verbunden werden. Daher können wir keinen Zusammenhang mit dem ursprünglichen Schema EOSIMIIFORMES → Amphipithecidae zeigen
• Zeigen Sie Orte archäologischer Funde direkt auf der Karte.
• Die Erde hat sich in 65 Millionen Jahren dramatisch verändert. Es wäre cool, den Cursor auf der Timeline zu bewegen, um die Form der Farbkarte unten zu ändern.
• Sie können die Namen der Taxa auf der linken Seite ordentlich sammeln, wie auf dem Tisch bei Tufty .
• Wenn Sie auf ein Taxon klicken, zeigen Sie detaillierte Informationen dazu an.
• Anthropologen haben keine einzige Sicht auf die Evolution. Ich möchte diese Unsicherheit in Zukunft visualisieren und sehen, womit alle einverstanden sind und welche Meinungen unterschiedlich sind.

→ Projektstandort

Was denkst du ist gut gelaufen und was ist schlecht? Wie würden Sie das Projekt verbessern?

Wenn Sie interessante Daten haben, die verarbeitet, visualisiert und den Menschen gezeigt werden müssen - schreiben Sie, wir arbeiten gerne zusammen: ivan@dianov.org, Telegramme: @ivan_dianov