Resultados de la fase uno de OhmyGut
Atlas ya ha hablado sobre nuestro proyecto de investigación de bacterias intestinales OhmyGut. En enero, lanzamos crowdfunding en Boomstarter para comenzar la investigación sobre la microbiota de la población rusa. Este fue el primer caso en Rusia en la búsqueda de fondos públicos para un proyecto biotecnológico, y resultó ser exitoso.Después de completar la campaña en Boomstarter , entregamos dos juegos de pruebas OhmyGut a todos los participantes. La idea era esta: todos pasan el primer análisis, luego revisan el cuestionario, obtienen recomendaciones nutricionales, los siguen durante dos semanas y pasan la prueba nuevamente. Como resultado, obtenemos tubos de 271 x 2 y una gran cantidad de material para probar hipótesis científicas y de marketing.Así sucedió todo, y ahora compartiremos los resultados.
Me dijeron una palabra, la extendí en una línea.
Para determinar qué especies microbianas y en qué proporciones viven en el intestino, se utiliza la secuencia metagenómica. Esta tecnología lee la secuencia genómica de los microbios "tal cual", sin dividirse primero en grupos y colonias en crecimiento en placas de Petri.Utilizamos el método más simple y económico: no leímos todos los genomas en su conjunto, sino solo un gen de cada microbio de varios cientos de letras, es decir, 16S rRNA. La célula usa esta secuencia para construir el ribosoma, la máquina molecular más importante necesaria para la síntesis de proteínas.La secuencia del gen 16S rRNA es única para cada especie. Por lo tanto, es ideal para genotipar bacterias. La secuencia se lee usando secuenciadores (el equipo más costoso en todo el proceso). El ADN extraído de las muestras de microbiota se alimenta a la entrada y los datos se obtienen a la salida: miles de lecturas para cada muestra. En nuestro estudio, la lectura promedio pesaba alrededor de 250 letras.Así es como se ve la lectura del genoma de Escherichia coli Escherichia coli : la
determinación de la especie, género o familia de bacterias con esta palabra se ha hecho posible gracias a una serie de estudios genómicos de bacterias. Todos los datos y publicaciones científicas se compilan en una base de datos pública conjunta de NCBI .En general, los métodos para estudiar la composición bacteriana son similares a los que usamos para la prueba genética. En el laboratorio, aislamos el ADN de una sola región del genoma (16S rRNA en el caso de la microbiota) usando cebadores especiales, luego multiplicamos las moléculas obtenidas con la ayuda de una proteína polimerasa, las leemos, obtenemos lecturas y determinamos qué bacterias y en qué proporciones están presentes en la muestra. Analizamos los datos obtenidos, compilamos un informe y recomendaciones basadas en los resultados, los cargamos en su cuenta personal. #todos felicesEn Rusia, nadie más ofrece tales estudios a una amplia gama de usuarios. En los Estados Unidos, hace unos años, se lanzó el proyecto uBiome , que realiza pruebas de microbiota (y no solo intestinal). Mi proyecto de investigación de microbios funciona en Alemaniapero hasta ahora no es un producto comercial, y su participación cuesta unos 600 euros. OhmyGut no tiene competidores más cercanos a ellos.Representación de muestra y control
El crowdfunding no solo fue una prueba beta de OhmyGut como un producto comercial futuro , sino también una investigación científica. Sin embargo, no había ningún grupo de control: no presentamos ninguna hipótesis para probar cuál podría ser el diseño de "control de experimento".La muestra "participantes de crowdfunding en Boomstarter" no es representativa, en el sentido en que este concepto se utiliza en epidemiología. Para nuestro estudio, no seleccionamos esos moscovitas que reflejarían las estadísticas de Moscú. Aunque los tres enterotipos principales estuvieron representados en nuestra muestra, no podemos decir que la proporción de estos tipos será la misma en una muestra representativa de Moscú o Rusia. Pero "no representativo" no significa "no científico".¿Qué más es un enterotipo?— , , .
Realizamos un estudio de intervención prospectivo, donde las recomendaciones nutricionales que les dimos a los participantes después de completar el cuestionario fueron intervenciones. Según los resultados de nuestro estudio, evaluamos la influencia de varios factores en la composición de la microbiota, así como el rango de cambios de microbiota para aquellos que han cambiado y no han cambiado sus hábitos alimenticios.Un ejemplo de un estudio con un diseño similar es el proyecto , que consideró dos grupos por separado: vegetarianos que comenzaron a comer carne y comedores de carne que dejaron de comer carne y comieron alimentos vegetales.¿Quiénes son los miembros de crowdfunding de OhmyGut?
En total, 271 personas participaron en el estudio, todas ellas residentes de Moscú. Si describimos al participante promedio en el proyecto OhmyGut, entonces se tratará de un hombre joven (29-31 años) de físico normal (índice de masa corporal 21-23 con una norma de 19-25), que come cuatro veces al día y duerme de 7 a 8 horas. Practica deportes varias veces a la semana (y prefiere los ejercicios cardiovasculares al entrenamiento de fuerza) y apenas bebe, solo una copa de vino seco varias veces al mes. Quizás nos reconozcamos a nosotros mismos o a nuestros amigos en este retrato.Y que comen
La dieta del participante promedio de la prueba OhmyGut es bastante estándar: carne, productos lácteos y de leche agria, papas y pan blanco varias veces a la semana y sin aceite de linaza y quinua (hasta que recibamos nuestras recomendaciones). En una palabra, nada que no supiéramos sobre nosotros mismos.Con base en los resultados del cuestionario, compilamos un gráfico y creamos vínculos entre productos que son parte de la dieta normal de nuestros participantes. Fue interesante probar el modelo matemático con observaciones de la vida. Los participantes del estudio comen tomates solo con pepinos; si hay carne en la dieta, es decir, aves de corral, el calabacín se combina con berenjenas y coliflor, con brócoli. En el gráfico puede ver cómo se agrupan los productos según dos tipos: condicionalmente vegetariano (esquina superior derecha) y condicionalmente comer carne (abajo a la izquierda).
Que paso
Hemos compilado una base de datos de composición de microbiota y metadatos de usuario y un informe para los participantes en más de 90 páginas. Contiene varias secciones: la composición de las bacterias, una descripción de los tipos de microbiota, el nivel de protección contra enfermedades, la vitaminogénesis, la síntesis de ácido butírico butírico, recomendaciones de productos y prebióticos.Gracias a nuestras recomendaciones, algunos participantes pudieron aumentar la representación de bacterias beneficiosas, hacer que la microbiota sea más equilibrada e incluso cambiar un grupo de microbiota a otro. Por ejemplo, del tercer tipo con una dieta "occidental" predominante y comida rápida, en el segundo, más vegetariano.Bueno, el éxito más importante es la confirmación de que una persona sana común está lista para pasar dicha prueba. Incluso dos veces Solo para comer mejor. Impresionante!Lo que no funcionó
Continuaremos trabajando en la sección de recomendaciones. Ahora proporcionamos una lista de productos adicionales que son buenos para las bacterias buenas y aumentarán su representación. Incluye, por ejemplo, la endibia y la alcachofa de Jerusalén, y aún eliminamos las hojas de plátano del texto (nota para la anfitriona: son útiles).Al mismo tiempo, es incorrecto mantener exclusivamente colonias de bacterias intestinales y al mismo tiempo dejar al cuerpo humano sin nutrientes esenciales. Tomamos en cuenta este matiz y planeamos hacer una referencia sobre los conceptos básicos de una nutrición adecuada en la próxima iteración del informe.Que ahora
Solo tenemos que agradecer a todos los participantes del crowdfunding y volver a trabajar. Antes de la segunda edición del informe, corregido y complementado, el lanzamiento comercial de la prueba y la integración con los datos de la prueba genética. Mientras tanto, puede respirar y divertirse .
Source: https://habr.com/ru/post/es395021/
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