Résultats OhmyGut Phase One
Atlas a déjà parlé de notre projet de recherche sur les bactéries intestinales OhmyGut. En janvier, nous avons lancé le financement participatif sur Boomstarter pour commencer des recherches sur le microbiote de la population russe. C'était le premier cas en Russie sur la recherche de financement public pour un projet biotechnologique - et cela s'est avéré un succès.Après avoir terminé la campagne sur Boomstarter , nous avons livré deux séries de tests OhmyGut à tous les participants. L'idée était la suivante: tout le monde passe la première analyse, puis ils passent par le questionnaire, obtiennent des recommandations nutritionnelles, les suivent pendant deux semaines et repassent le test. En conséquence, nous obtenons 271 x 2 tubes et une énorme quantité de matériel pour tester les hypothèses scientifiques et marketing.C'est comme ça que tout s'est passé, et maintenant nous allons partager les résultats.
Ils m'ont dit un mot, je l'ai étalé en ligne
Pour déterminer quelles espèces microbiennes et dans quelles proportions vivent dans l'intestin, le séquençage métagénomique est utilisé. Cette technologie lit la séquence génomique des microbes "telle quelle", sans d'abord se diviser en groupes et en croissance de colonies dans des boîtes de Pétri.Nous avons utilisé la méthode la plus simple et la moins chère: nous n'avons pas lu tous les génomes dans leur intégralité, mais un seul gène de chaque microbe de plusieurs centaines de lettres - à savoir l'ARNr 16S. La cellule utilise cette séquence pour construire le ribosome, la machine moléculaire la plus importante nécessaire à la synthèse des protéines.La séquence du gène de l'ARNr 16S est unique pour chaque espèce. Par conséquent, il est idéal pour le génotypage des bactéries. La séquence est lue à l'aide de séquenceurs (l'équipement le plus cher de tout le processus). L'ADN extrait des échantillons de microbiote est envoyé à l'entrée et les données sont obtenues à la sortie: des milliers de lectures pour chaque échantillon. Dans notre étude, la lecture moyenne pesait environ 250 lettres.Voici à quoi ressemble la lecture du génome d' Escherichia coli :
Déterminer l'espèce, le genre ou la famille de bactéries par ce mot est devenu possible grâce à un certain nombre d'études génomiques sur les bactéries. Toutes les données et publications scientifiques sont compilées dans une base de données publique commune du NCBI .En général, les méthodes d'étude de la composition bactérienne sont similaires à celles que nous utilisons pour le test génétique. En laboratoire, nous isolons l'ADN d'une seule région du génome (ARNr 16S dans le cas du microbiote) à l'aide d'amorces spéciales, puis nous multiplions les molécules obtenues à l'aide d'une protéine polymérase, les lisons, obtenons des lectures et déterminons quelles bactéries et dans quelles proportions sont présentes dans l'échantillon. Nous analysons les données obtenues, compilons un rapport et des recommandations en fonction des résultats, téléchargez-le sur votre compte personnel. # tout heureux.En Russie, personne d'autre ne propose de telles études à un large éventail d'utilisateurs. Aux États-Unis, il y a quelques années, le projet uBiome a été lancé , qui effectue des tests de microbiote (et pas seulement intestinal). Mon projet de recherche sur les microbes fonctionne en Allemagnemais jusqu'à présent, ce n'est pas un produit commercial, et sa participation coûte environ 600 euros. OhmyGut n'a pas de concurrents plus proches d'eux.Exemple de représentation et de contrôle
Le financement participatif n'était pas seulement un test bêta d'OhmyGut en tant que futur produit commercial , mais aussi une recherche scientifique. Néanmoins, il n'y avait pas de groupe témoin: nous n'avons pas avancé d'hypothèses pour tester quelle conception «expérimentale-témoin» pourrait être requise.L'échantillon «participants au financement participatif sur Boomstarter» n'est pas représentatif - dans le sens où ce concept est utilisé en épidémiologie. Pour notre étude, nous n'avons pas sélectionné de tels Moscovites qui refléteraient les statistiques de Moscou. Bien que les trois principaux entérotypes étaient représentés dans notre échantillon, nous ne pouvons pas dire que le rapport de ces types sera le même dans un échantillon représentatif de Moscou ou de la Russie. Mais «non représentatif» ne signifie pas «non scientifique».Quoi d'autre est un tel entérotype— , , .
Nous avons mené une étude d'intervention prospective, où les recommandations nutritionnelles que nous avons données aux participants après avoir rempli le questionnaire étaient des interventions. Selon les résultats de notre étude, nous avons évalué l'influence de divers facteurs sur la composition du microbiote, ainsi que la gamme des changements du microbiote pour ceux qui ont changé et n'ont pas changé leurs habitudes alimentaires.Un exemple d'étude avec une conception similaire est le projet , qui a considéré deux groupes séparément: les végétariens qui ont commencé à manger de la viande et les mangeurs de viande qui ont cessé de manger de la viande et ont mangé des aliments végétaux.Qui sont les membres du financement participatif OhmyGut?
Au total, 271 personnes ont participé à l'étude, toutes sont des résidents de Moscou. Si vous décrivez le participant moyen au projet OhmyGut, ce sera un jeune homme (29-31 ans) de physique normal (indice de masse corporelle 21-23 avec une norme de 19-25), qui mange quatre fois par jour et dort 7 à 8 heures. Il fait du sport plusieurs fois par semaine (et préfère les charges cardio à la musculation) et ne boit pas beaucoup - juste un verre de vin sec plusieurs fois par mois. Peut-être que nous nous reconnaissons ou reconnaissons nos amis dans ce portrait.Et que mangent-ils
Le régime alimentaire du participant moyen au test OhmyGut est assez standard: viande, produits laitiers et lait aigre, pommes de terre et pain blanc plusieurs fois par semaine et sans huile de lin et quinoa (jusqu'à ce que nous recevions nos recommandations). En un mot, rien que nous ne sachions sur nous-mêmes.Sur la base des résultats du questionnaire, nous avons compilé un graphique et établi des liens entre les produits qui font partie du régime alimentaire normal de nos participants. Il était intéressant de tester le modèle mathématique avec des observations de la vie. Les participants à l'étude ne mangent des tomates qu'avec des concombres; s'il y a de la viande dans le régime, c'est-à-dire de la volaille, des courgettes sont associées à des aubergines et du chou-fleur - au brocoli. Sur le graphique, vous pouvez voir comment les produits sont regroupés en deux types: conditionnellement végétarien (coin supérieur droit) et conditionnellement mangeur de viande (en bas à gauche).
Qu'est-il arrivé?
Nous avons compilé une base de données sur la composition du microbiote et les métadonnées utilisateur et un rapport pour les participants sur 90+ pages. Il contient plusieurs sections: la composition des bactéries, une description des types de microbiote, le niveau de protection contre les maladies, la vitamineogenèse, la synthèse de l'acide butyrate butyrique, les recommandations de produits et les prébiotiques.Grâce à nos recommandations, certains participants ont pu augmenter la représentation des bactéries bénéfiques, rendre le microbiote plus équilibré et même changer un groupe de microbiotes en un autre. Par exemple, du troisième type avec un régime "occidental" prédominant et de la restauration rapide - dans le second, plus végétarien.Eh bien, le succès le plus important est la confirmation qu'une personne en bonne santé ordinaire est prête à passer un tel test. Même deux fois. Juste pour mieux manger. Impressionnant!Ce qui n'a pas fonctionné
Nous continuerons de travailler sur la section des recommandations. Nous fournissons maintenant une liste de produits supplémentaires qui sont bons pour les bonnes bactéries et augmenteront leur représentation. Il comprend, par exemple, l'endive et l'artichaut - et nous avons quand même retiré les feuilles de plantain du texte (note à l'hôtesse: elles sont utiles).En même temps, il est incorrect de maintenir exclusivement des colonies de bactéries intestinales tout en laissant le corps humain lui-même sans nutriments essentiels. Nous avons pris en compte cette nuance et prévoyons de faire une référence sur les bases d'une bonne nutrition dans la prochaine itération du rapport.Et maintenant
Nous devons simplement remercier tous les participants au financement participatif et reprendre le travail. En amont de la deuxième édition du rapport, corrigée et complétée, le lancement commercial du test et l'intégration avec les données du test génétique. En attendant, vous pouvez reprendre votre souffle et vous amuser .
Source: https://habr.com/ru/post/fr395021/
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