Coronavirus: du SRAS à 2019-nCoV

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Avertissement: j'exprime mon opinion subjective sur la base des données disponibles. Les opinions des virologues et épidémiologistes professionnels peuvent différer des miennes. Dans toute situation incompréhensible, reportez-vous aux documents de l'OMS.

Salut les collègues. Plus je fouille dans les données sur l'épidémie de coronavirus 2019-nCoV, moins j'aime ce qui se passe, en tenant compte des épidémies précédentes de virus similaires. Je propose de revenir sur l'histoire des épidémies passées et d'essayer de prédire le cours futur.

Coronavirus


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Cette famille de virus à ARN provoque généralement de légères infections respiratoires. Ils peuvent infecter diverses espèces d'animaux, y compris les humains. La gamme d'espèces est très large et comprend, en plus des humains, des chauves-souris, des chiens, des porcs, des chats, des chameaux et bien d'autres. Ils ont une structure spécifique de la coque extérieure ressemblant à la couronne solaire, c'est pourquoi ils ont obtenu leur nom.
Ils seraient particulièrement banals sinon pour les variétés lourdes de MERS-CoV et SARS-CoV.

Sars


Le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) a été signalé pour la première fois en Chine en 2002. L'agent causal était le coronavirus SARS-CoV. Je dois dire que les virus peuvent avoir de grandes différences dans le contexte du sort de la cellule hôte. Une partie des virus pendant la reproduction endommage au minimum la cellule hôte et la laisse vivante. Partie - part mercredi seulement après la destruction du cytoplasme de la cellule eucaryote. Le SRAS-CoV appartenait exactement à l'espèce qui détruit le porteur pendant la reproduction, ce qui a conduit à la destruction des cellules des alvéoles pulmonaires pendant la période aiguë de la maladie.

Après une incubation de 2 à 10 jours, la maladie a commencé par un léger nez qui coule et un SRAS typique. La poursuite du développement s'est déroulée selon le scénario suivant:
  1. stade de l'infection primaire pseudo-grippale (dure 2-3 jours), l'état du patient est modéré
  2. stade d'immunodéficience (une forte diminution de l'immunité, une baisse critique du nombre de lymphocytes, une aggravation de l'état des patients, dure 3-4 jours)
  3. stade du SRAS, qui se développe dans le contexte d'une diminution de l'immunité et s'accompagne d'un syndrome de détresse. Insuffisance respiratoire, œdème pulmonaire
  4. stade terminal, accompagné d'un choc toxique avec défaillance grave d'un organe

Mortalité et épidémiologie


Le cours est généralement favorable. 90% des patients se sont rétablis sans conséquences graves au 6-7e jour. Il s'agit du temps approximatif requis pour développer des anticorps contre tout antigène inconnu.
Dans le groupe restant, le virus a provoqué un syndrome respiratoire aigu sévère, dont le taux de mortalité était de 6 à 15%, alors que la distribution était inégale. Chez les patients de plus de 50 ans, la mortalité a atteint 50%. Les patients avaient besoin d'une ventilation mécanique, d'oxygène supplémentaire pour compenser l'insuffisance pulmonaire aiguë.

Au total, 8437 cas de maladie ont été enregistrés, dont 813 mortels.

MERS


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Le virus MERS-CoV encore plus désagréable qui a provoqué le syndrome respiratoire du Moyen-Orient est la zoonose, c'est-à-dire que les animaux sont le réservoir de la maladie. Apparemment, les principaux porteurs sont les chauves-souris et, peut-être, les chameaux. De personne à personne, il se transmettait très difficilement, uniquement en contact étroit. La clinique est très similaire au SRAS, mais a un cours plus agressif et une plus grande mortalité.

Épidémiologie et mortalité


Un facteur épidémiologique relativement favorable était la faible contagiosité de ce coronavirus. Certains chercheurs pensent que la majorité des patients ne sont pas infectés par d'autres personnes, mais par des animaux malades.

Selon diverses sources, le taux de mortalité chez les personnes infectées est de 27% à 40%. Au total, 1 154 cas confirmés ont été enregistrés et pas moins de 431 morts.

2019-nCoV


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Et maintenant sur le désagréable. L'épidémie de 2019-nCoV, qui a commencé à Wuhan, est potentiellement l'un des dangers les plus importants auxquels l'humanité a été confrontée. Les coronavirus des chauves-souris, en particulier les chauves-souris en fer à cheval d'Asie, seraient le réservoir initial. Dans cette région de Chine, les chauves-souris sont mangées, ce qui augmente considérablement les risques de transfert interspécifique en cas de mutation.

Ce qui est très inquiétant


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Il est déjà possible de tirer certaines conclusions principales sur cette maladie. La période d'incubation dépend de la source du virus. Lorsqu'il est infecté par un animal, c'est 6-12 jours. En cas d'infection humaine - pas plus de 5 jours. On craint que le transporteur ne soit contagieux pendant la période asymptomatique où les méthodes de surveillance thermique dans les aéroports et les gares sont inutiles. On peut supposer qu'après avoir recruté le groupe principal de patients nuls, le facteur d'infection des animaux jouera un petit rôle dans la propagation de l'épidémie.

Contagiosité, R0


Le virus peut être transmis d'une personne à l'autre et est très contagieux, ce qui le distingue radicalement des précédents SARS-CoV et MERS-CoV. Il existe un indicateur tel que le numéro de reproduction de base - R0. Il montre combien de personnes parviennent à infecter le patient pendant la période de la maladie. Si le nombre est inférieur à 1, alors l'épidémie s'éteint d'elle-même. Si plus, il détermine le taux de montée de l'épidémie et la possibilité d'une pandémie. Pour la rougeole, par exemple, c'est 12-18. Il suffit pratiquement de regarder le patient de loin pour s'infecter. La rubéole a quelque chose de similaire. La grippe normale a un R0 de l'ordre de 2-3.

Les dernières données 2019-nCoV suggèrent une fourchette de 3,3 (IC à 95%: 2,73-3,96) à 5,47 (IC à 95%: 4,16 à 7,10). En bref - c'est dofiga. Beaucoup plus que la grippe. En général, cela est confirmé par le taux de croissance des patients.


Gravité


La clinique est très similaire au SRAS / MERS. Initialement, une grippe, toux, fièvre. Puis une forte détérioration de l'état et l'apparition de problèmes respiratoires le 8-9ème jour avec le développement d'un syndrome respiratoire aigu. Le virus provoque une pneumonie très sévère, détruisant les cellules des alvéoles pulmonaires. Il existe des risques d'infection bactérienne.

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Le pire dans cette situation est un grand pourcentage de patients qui ont besoin de soins intensifs. Il s'agit actuellement de 976 personnes sur 4515 infections confirmées. Ces patients ne peuvent pas rester à la maison et boire du thé avec des framboises. Ils ont besoin d'hospitalisation, de ventilation mécanique, d'oxygène et éventuellement de réanimation. Si le ratio est maintenu, nous avons un potentiel de 200 000 patients de réanimation pour chaque million de personnes. Il est pratiquement impossible de fournir un tel nombre de lits et d'équipements à tous ceux qui en ont besoin.

La mortalité est encore très difficile à déterminer. Avec 4515 infectés, nous avons 60 récupérés et 106 morts. Les proportions 60/106 sont terribles, mais il y a une chance que dans une semaine les malades de la première vague commencent à se remettre en grande quantité, qui commenceront à sortir de l'hôpital. Néanmoins, le problème des ressources sanitaires dans le monde reste le plus gros problème pour les patients gravement malades.

Le traitement


Pas encore disponible. Ne vous laissez pas berner par la fuflomycine, l'arbidol et d'autres * ferons. Cela n'a aucun sens de stimuler le système immunitaire si le patient n'a pas le temps de synthétiser des anticorps contre la défaillance du système respiratoire. Les médicaments à action directe sur le virus n'ont pas encore été étudiés, mais il pourrait y avoir bientôt des données. Selon Lancet, les patients ont reçu des antibiotiques à large spectre, des corticostéroïdes comme anti-inflammatoires et diverses combinaisons antivirales.
On soupçonne qu'une ribavirine plutôt toxique peut être efficace, ce qui en soi a un effet tératogène (il peut provoquer des malformations fœtales) et peut entraîner la mort en raison de la suppression de la formation de sang. Par conséquent, il est impossible pour les femmes enceintes et l'utilisation est strictement sous la surveillance d'un médecin. Il a montré des effets bénéfiques sur le SRAS.

La prévention


Standard. Lavez-nous les mains, évitez les endroits bondés comme le métro. Nous ne convenons à personne qui tousse.


Les masques conventionnels sont inefficaces. Des masques d'une classe d'au moins N95 avec un filtre HEPA sont requis. Il existe des risques d'infection par les yeux ouverts et la conjonctive.
UPD
Plus d'informations sur la prévention peuvent être trouvées dans le post- steanlab Coronavirus 2019-nCoV. FAQ sur la protection respiratoire et la désinfection

Vaccin


Pas bientôt. Au mieux, d'ici 2022-2023. 2020 - tests sur les animaux. En cas de succès, 2021 - en public, 2022 - réplication et production, 2023 - début de la vaccination. Très probablement, tout sera plus long, à en juger par les problèmes des anciens coronavirus.

Résumé


Tout est triste, hélas. Je suis plein de pessimisme et j'espère vraiment que je me trompe. Jusqu'à présent, il ressemble à un MERS lourd avec un taux de mortalité élevé, mais avec une contagiosité au-dessus de la grippe. Compte tenu de la période de latence et de la connectivité élevée des grandes villes, nous pouvons nous attendre à des épidémies dans toutes les grandes villes au cours des deux prochaines semaines.

Pas besoin de répondre à de nombreux faux. Recherchez des sources scientifiques originales, par exemple:

Site officiel de l'OMS
Aussi une bonne infographie par des sources officielles
Données ouvertes sur les sources chinoises
Bon article au Lancet
Grande ressource avec une ventilation détaillée des données tabulaires

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Ne sois pas malade.

UPD Points de vue optimistes alternatifs


Il y a une chance que maintenant les statistiques soient considérablement faussées par les malades, que personne n'inscrit. Ce qui, à mon avis, n'aidera pas beaucoup dans le contexte de la forte charge de pointe des hôpitaux.

Merci pour le lien aluminium , korzhik , kababok :
botalex.livejournal.com/155728.html

UPD2


Merci shurup
Wiley publie un accès gratuit à des articles scientifiques sur le virus: secure.wiley.com/Coronavirus2020

Statistiques UPD3 au 30/01/2020


Soupçonné 12167
7823 infectés
Patients sévères 1370 (~ 18%)
Récupéré 131
170 morts

Un grand pourcentage de patients sévères sont toujours inquiets. Le directeur général de l'OMS, Tedros Adan Gebreisus, confirme le pourcentage de patients sévères:


UPD3


Analyse des données de muhaa :
Wikipédia contient des liens vers plusieurs rapports de personnes décédées (par exemple, plus de 25).
Selon ces rapports, il s'avère que le délai moyen entre le diagnostic et la mort est d'environ 10 jours. Presque tous les défunts sont des personnes âgées et atteintes de maladies chroniques. Les quelques patients d'âge moyen décédés ont vécu 15 jours ou plus depuis leur admission à l'hôpital.
Il s'avère que si nous voulons juger de la mortalité, alors 170 personnes décédées aujourd'hui sont principalement celles qui sont venues à l'hôpital il y a 10 jours ou plus tôt. C'est-à-dire à l'époque où 200 à 400 cas étaient enregistrés.
Si vous pensez que ce virus n'est pas aussi dangereux que le SRAS et tue, par exemple, tous les 20 ans, puis environ, il y a 10 jours au lieu de 270 personnes malades, en réalité il y avait 170 * 20 = 3400 personnes au stade actif de la maladie (pour obtenir un taux de mortalité de 1:20 ils auraient dû être malades mais pas mortels).
Si au contraire, on pense que presque tous les cas ont été signalés, cela signifierait que la mortalité due à ce virus pourrait en fait être supérieure à celle du SRAS. Étant donné que s'il se propage de façon exponentielle, ce dernier serait très mauvais.
Il s'avère que les statistiques que nous voyons ne sont que la pointe de l'iceberg. Jusqu'à présent, le nombre de patients augmente en moyenne de 50% par jour car la plupart des patients marchent dans la rue et les mesures prises ne fonctionnent pas. Alors peut-être qu'une pandémie ne peut être évitée.
Une autre option est que la mortalité réelle de ce virus se situe effectivement au niveau du SRAS. Ensuite, il n'y a pas autant de patients enregistrés et les mesures n'arrêtent pas l'épidémie pour d'autres raisons.
Il est difficile de dire quelle option est la pire.

Source: https://habr.com/ru/post/fr485806/


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