Visualisasi pohon primata

Stanislav Drobyshevsky pada awal tahun menerbitkan sebuah pohon terperinci tentang asal usul primata . Versi PDF

Komentator di Vkontakte meminta versi interaktif ( 1, 2, 3, 4 ), karena lebih mudah dipelajari dan lebih mudah diperbarui ketika data baru muncul.

Olya Mokhova dan saya memutuskan untuk membantu paleo-primatologi dan membuat prototipe pada d3js.

Di sebelah kiri adalah diagram asli, di sebelah kanan adalah versi kami:

Situs proyek

Saya akan memberi tahu Anda bagaimana pekerjaan berjalan dan teknik apa yang membantu kami.

Tujuan

Pertama-tama kita ingin membuat skema sains populer, versi yang lebih maju dari gambar terkenal:

Tapi soal ini sudah ada proyek luar biasa oleh Gleb Krauklish .

Kami memutuskan untuk pergi dengan cara lain: untuk membuat sistem prototipe untuk agregasi data arkeologis. Tentu saja, saya ingin membuat proyek besar dengan pergerakan lempeng tektonik, foto penemuan, informasi terperinci tentang setiap takson, tautan ke Wikipedia, dan grafik suhu tahunan rata-rata. Tetapi kami memutuskan untuk memulai dengan membuat versi interaktif dari skema yang ada.

Desain

Di sirkuit aslinya, warna hampir tidak pernah digunakan. Anda dapat menunjukkan dengan warna, misalnya, di benua mana binatang itu ditemukan.

Saya juga ingin lebih jelas menunjukkan hierarki taksa (kelompok organisme).

Saya membuat sketsa pertama:

Pertanyaan segera muncul. Sebagai contoh: "Haruskah ikatan keluarga entah bagaimana bergantung pada bersarang taksa?" Kita harus menggali Wikipedia, belajar tentang cladistics dan monophilia . Saya belajar dari Stanislav bahwa tidak ada cladistic pada diagram, yang berarti bahwa pohon ikatan keluarga tidak harus bertepatan dengan sarang taksa.

Saya menggambar sepotong sirkuit dengan data yang mirip dengan yang asli. Saya mencoba menggunakan data yang paling tidak nyaman untuk mengumpulkan kerucut sebanyak mungkin pada tahap tata letak. Saya mengambil nama yang tidak sesuai, saya menunjukkan bagaimana nilai slider ditumpangkan pada teks lain.

Basis data

Proyek ini di-host di halaman Github . Awalnya, kami ingin menyiapkan data dalam tabel Google, lalu mengonversinya menjadi csv dan mengkomitnya ke github. Akibatnya, kami memutuskan untuk memuat data langsung dari tabel Google.

Keuntungan dari solusi ini:

• Stanislav Drobyshevsky dapat mengubah data tanpa bantuan kami.
• Dalam proses pengembangan, seringkali perlu untuk memperbaiki kesalahan, untuk mencoba urutan data yang berbeda. Tabel Google menghemat banyak waktu kami.

Cons:

• Itu memuat sedikit lebih lama, tetapi tidak kritis.
• Jika Anda merusak data dalam tabel, situs juga segera rusak. Namun, tabel Google menyimpan riwayat perubahan, jika ada masalah Anda dapat memutar kembali ke versi lama. Anda juga bisa menduplikasi lembar kerja sebelum membuat perubahan dan menggunakan duplikat sebagai cadangan.

Salin data

Kesulitan utama adalah bersarangnya taksa yang dalam. Berikut adalah daftar semua peringkat:

1. Pasukan perdamaian
2. Detasemen
3. Subordo
4. Pasukan Infra
5. Parvotryad
6. Keluarga Super
7. Keluarga
8. Subfamili
9. Baik hati

Untuk mempermudah penyalinan data dan verifikasi mereka, saya melukis dadu berwarna di atas sirkuit. Warna berarti pangkat takson, nama-nama ditandatangani di atas.

Versi lengkap

Lelya Kolesnikova datang untuk menyelamatkan. Ini menyalin data dari PDF ke tabel 300-baris. Tentu saja, saya ingin mengotomatiskan proses, tetapi ini sulit: beberapa nuansa tidak jelas bahkan dengan transfer manual.

Karya seni

Gambar membantu untuk mendiversifikasi kanvas monoton dan membantu untuk membayangkan bagaimana rupa para perwakilan taksa. Kami memanggil proyek ilustrator. Tatyana Sergeevna turun ke bisnis.

Kami membahas referensi:

Kami memilih foto dan rekonstruksi perwakilan khas, Tanya menarik. Beberapa ilustrasi geometris membantu mengalihkan perhatian dari detail, yang sangat bervariasi dari satu spesies ke spesies lainnya.

Verifikasi data

Saat mentransfer dari PDF ke data, kesalahan merayap masuk. Karena itu, sebelum menunjukkan skema ke Stanislav, kami memeriksa diri kami sendiri.

1. Setiap negara harus berhubungan dengan hanya satu dari benua. Saya memeriksa kepatuhan ini dengan pelat pivot:

.

1. Untuk membuatnya lebih mudah untuk memeriksa periode, saya menulis skrip mini pada d3, yang menandatangani awal dan akhir periode secara langsung pada grafik. Itu perlu dilakukan sejak awal.

1. Kadang-kadang nama taksa mirip satu sama lain, tetapi sebenarnya berbeda. Untuk melindungi diri dari kesalahan tersebut, saya menyisipkan gambar hash di sebelah kolom takson. Jika dua kata berbeda oleh setidaknya satu huruf, gambar-gambar kemungkinan besar akan berbeda dan kesalahan akan terdeteksi:

Gambar diambil dari http://avatars.adorable.io/

Kesulitan

Dalam perjalanan kerja, masalah-masalah menarik muncul, kami mendiskusikannya dengan Stanislav.

Misalnya, beberapa taksa berasal dari yang belakangan. Misalnya, Amphipithecidae → Oligopithecinae → Perupithecus ucayaliensis. Tentu saja, ini tidak mungkin, hanya saja perwakilan Amphipithecidae dan Oligopithecinae sebelumnya belum ditemukan. Kami memutuskan untuk secara artifisial meningkatkan taksonomi induk di masa lalu:

Pada awalnya, kami berpikir bahwa koneksi hanya mungkin antara "batu bata", tetapi kemudian ternyata kami membutuhkan kemampuan untuk menghubungkan taksa apa pun: baik "batu bata" dan "bingkai". Kami harus menghapus koneksi yang bermasalah sejauh ini (dari EOSIMIIFORMES infra-detasemen)

Terkadang hal-hal menarik muncul:

Untuk masa depan

• Tugas maksimum adalah membuat basis temuan arkeologis dan menunjukkannya pada diagram ini. Sekarang tidak jelas dari mana semua garis-garis ini berasal, apa temuan arkeologis di belakang mereka.
• Tambahkan kemampuan untuk berkomunikasi antara taksa dari peringkat apa pun. Sekarang hanya batu bata yang bisa dihubungkan satu sama lain. Karenanya, kami tidak dapat menampilkan koneksi dengan skema asli EOSIMIIFORMES → Amphipithecidae
• Tampilkan tempat temuan arkeologi langsung di peta.
• Bumi telah berubah secara dramatis selama 65 juta tahun. Akan keren untuk memindahkan kursor pada timeline untuk mengubah bentuk peta warna di bawah ini.
• Anda dapat dengan rapi mengumpulkan nama taksa di sisi kiri, seperti pada tabel di Tufty .
• Saat mengklik pada takson, perlihatkan informasi terperinci tentangnya.
• Para antropolog tidak memiliki satu pandangan pun tentang evolusi. Saya ingin memvisualisasikan ketidakpastian ini di masa depan dan melihat apa yang semua orang setuju dan apa pendapat yang berbeda.

→ Situs proyek

Menurut Anda apa yang terjadi dengan baik dan apa yang buruk? Bagaimana Anda meningkatkan proyek?

Jika Anda memiliki data menarik yang perlu diproses, divisualisasikan, dan diperlihatkan kepada orang - tulis, kami akan senang bekerja sama: ivan@dianov.org, telegrams: @ivan_dianov