扎克伯格资助：共同构建科学工具

人体细胞图谱协同计算的出现

计算统计专家Kim Ankh La Cao与CZ Biohub科学家Angela Pisco合作。

细胞是生命的基本单位，但是我们仍然需要大量了解其基本功能和组织。 为了在人体中提供从免疫系统到大脑的各种功能，成千上万种细胞类型和数万亿个单个细胞在复杂的系统中工作。 表征单个细胞的新实验技术与正确的计算方法相结合，可以帮助我们理解这种复杂性并开始进行组织。

人类细胞图谱 （HCA）是一项雄心勃勃的全球合作，旨在通过全面描述细胞类型，细胞数量和空间位置来创建人体所有细胞的开放参考图。 一旦完成，它将成为科学家的基本资源，使他们能够更好地了解健康细胞的工作方式以及疾病发作时它们会发生什么。 但是，此资源的组装，集成，分析和共享需要新的基于云的数据基础结构和新的分析方法来处理和解释大型和复杂的不同数据集。

CZI通过拨款，数据基础架构，协作式开源软件开发以及对协作研究的支持来支持《人类细胞图集》。 作为这项工作的一部分，CZI Science最近举办了为期四天的会议，由200多名科学家，计算生物学家和软件工程师共同发起， 旨在为“人类细胞图集 ”创建协作计算工具 ，这是一系列85笔赠款，用于研究人员共同协作解决方案的计算难题。 HCA

会议合作计划

在CZI，我们相信跨学科的团队可以共同促进科学发展，尤其是在生物学，计算和软件开发的交汇处。 但是，我们如何使用科学会议来帮助建立合作关系？ 这次会议提供了尝试一些想法的机会。

会议之前，我们将项目分为12个免费研究领域，分别围绕数据类型，分析方法和软件生态系统进行组织。 我们将这些组命名为： 细胞状态，细胞类型，图像，多组学，轨迹，多样性控制，丰度变化，势空间，压缩，比例，端口和生物导体 。 这些小组中的一些实际上是一起使用的，而其他小组是第一次见面。

我们要求每个小组总体上介绍他们的工作，以便我们进行12次小组演讲，而不是85个单独的项目，并且我们进行了生动的电话会议，为会议前的演讲做准备。 这种悠闲的组织和会议前的电话会议有助于缓解人们抵达时的局势。 我们还开发了一个会议网站，其中包含指向存储库，幻灯片，文档和其他项目的链接，这些链接在会议期间合并为在线中心。

第一天，有12个小组介绍了他们的项目。 在这12个演示文稿之后，这些小组随后花费了接下来的两天半的时间，以更好地“划分”他们在一年的过程中（项目持续时间）可以完成的工作，强调了诸如通用指标和控制之类的链接线程。数据集，以确定各种算法，数据标准和元数据标准的相对成功，或与各种生态系统编程工具的集成。 为了增加一些结构，我们还引入了四个并行的培训课程，这些课程将帮助教授和指导各种主题：用于现代Web数据可视化的工具， 用于协调人细胞图谱数据的平台 ，使用和改进bioRxiv进行计算生物学和协作编程的方法与github 。

我们在会议上预留了很多时间，以便小组可以从分配给共同编程的时间开始工作，最后进行了一次大规模的头脑风暴会议，并被邀请的与会人员介绍了与HCA相关的当前主要实验和计算成本（包括Dana Peer的启发性背景信息， HCA计算社区负责人。


会议以听众介绍他们所做的事情以及如何继续合作为结尾。 我们为工作和社交互动留了很多计划外的时间，以促进公开讨论和建立关系。 选择一个可以为参与者提供会议空间和住宿的场所有助于创建社区。 Github精选的参考数据集可以使用一年，但是海边和海滩上的卡拉OK可以贯穿整个科学事业。


在海上篝火旁继续进行讨论。

感谢@cziscience召开的精彩会议。 这是我一生中参加的最富有成效，最富集体和启发性的会议！
-Duygu @ duyguucar

我们学到了什么

会议的三个方面特别鼓舞人心。 首先，这些小组真的很高兴在提供时间，空间和工具方面进行合作。 其次，学生和学术人员以及PI激发了会议的活力，并可能有助于确保工作确实完成！ 第三，引进了几位计算生物学家和CZI软件工程师，这有助于在会议上进行协作-我们的团队从受赠人那里了解了很多实地问题，还帮助建立了跨行业的计算能力和协作。

每个人都以自己的方式参与了这个新的会议结构：在最佳情况下，小组解释了他们项目的愿景和范围，有时甚至是从字面上监督或定义控制数据集或编写代码原型。 我们发现了与开放源码CZI合作的具体机会的小组也给我们留下了深刻的印象：来自OMERO的 Josh Moore现在正在与海星团队一起研究基于图像的转录组数据格式，来自缩放小组的Ryan Williams和Cotton Seed开发更多可扩展的方法来在数据协调平台中存储和计算矩阵。

我们还感到高兴的是，用于单核分析的三个关键软件包的开发人员-Scanpy ， Seurat和Scater-在改善其工具和数据格式的互操作性方面取得了进展。 只是在同一个房间里，有了时间和支持，您就可以激发进步。

@DrAnneCarpenter
扎克伯格（Chan Zuckerberg Science）为科学做出了惊人的贡献。
但是与他们合作在文化上也很棒。 这导致在计算我的年龄方面与其他女性专家进行了科学讨论（这对我来说是第一次！）。 这有助于建立与不同领域，计划项目和学科的关系。 太棒了！
-安妮·卡彭特（Anne Carpenter）

很高兴看到HCA计算专家社区聚集在这次会议上。 正如其中一位参与者告诉我们中的一个人一样，他感到自己像“计算科学的燃料”，我们不能不同意。 我们很高兴CZI Science能够促成如此激动人心的互动，并且随着我们继续开展越来越多的项目，我们希望以此会议为典范。

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杰里米·弗里曼（Jeremy Freeman），计算生物学专家

杰里米（Jeremy）是从事生物学和技术交叉领域研究的科学家。 他想了解生物系统的工作原理，并出于人类健康和智能系统设计的目的使用这种理解。 他在纽约大学研究生院学习计算机视觉，在Janelia研究园区HHMI领导神经科学研究实验室，目前在Chan Zuckerberg Initiative中，负责我们在计算和生物学相交领域的工作。 他喜欢开放源代码和开放科学，并汇集了许多领域的科学家和工程师。

研究与反馈经理Arne Bakker

Arne Bakker是Chan Zuckerberg Initiative科学会议的负责人。 他拥有荷兰癌症研究所的肿瘤免疫学博士学位，并在加利福尼亚大学伯克利分校获得研究。 最近，Arne担任斯坦福大学理学博士学位的硕士和新手科学家的劳工培训助理院长。 在整个职业生涯中，Arne积极吸引了科学家：他是阿姆斯特丹发现节的负责人，在伯克利的加利福尼亚大学和斯坦福大学的博士路共同组织了Beyond Academia，并自愿参加了湾区科学节。 在CZI，Arne结合了他从这一多方面的职业中学到的经验教训，带领我们通过会议，研讨会和其他会议将科学家召集在一起，以创建和支持协作性科学界。

翻译：戴安娜·谢列米诺娃（Diana Sheremyova）

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