我们正在完成一系列有关如何使用基因测试数据的动手文章。 今天，我们发布了正确的答案和获奖者，他们比其他所有问题更快地解决了所有三个问题。
本系列中的所有文章：
什么是全基因组，为什么需要任务编号1。 找出性别和关系程度。任务编号2。 确定人口结构任务编号3。 数据转换并上传到第三方服务为了完成测试任务，我们使用了1000个基因组项目开放数据中的12个样本。 我们对样本进行了重命名，以使参与者无法将可用数据用于答案。
原始标识符和在任务中使用的标识符的对应表。
任务编号1.找出性别和关系程度
图1显示了所用样品的血统书。这些决策被认为是正确的，其中确定了3个家族和3个与遗传无关的样品-0030，0090和0066。 如果没有孩子的样本，则无法通过此分析确定他们与家庭的关系。 溶液中必须存在所有12个样品。 还考虑了家谱设计（图2）。 我们在第一个任务中写了有关设计规则的文章。
图1 根据1000个基因组的数据，测试数据集样本的家族关系。 家谱文件在这里 。
图2 右边是一个有一个孩子的家庭的不正确显示：描绘了两次婚姻，没有家庭关系。任务编号2。 确定人口结构
在任务的数据集中，我们使用了两个超级种群的样本。 图3和4显示了12个样本沿三个主要成分的位置的可视化。在散点图中，可以看到四个聚类的形成。 但是，它们并不完全与最初的人口数据相对应：图5，两个人口。 我们在
文章中解释了如此明显和矛盾的样品分离的原因。 此外，所有显示出意外簇分裂的样品均属于AMR超人群-Ad Mixed American。 混合性和异质性在广告混合人群中是固有的，并且可以在观察到的聚类中体现出来。
图3 前三个主要部分成对分布的测试数据集样本位置的散点图。
图4 测试数据集样本的三个主要成分的散点图。
图5 根据“ 1000个基因组”，在测试数据集中使用的样品的总体和血统。 家谱文件在这里 。
图6显示了从
cluster3文件构建的集群树。 该树可以手动构建，也可以使用任何类型的自动化构建，但必须与使用Plink进行的聚类相对应。 不接受不符合结构且参与者使用其他PCA数据包的树。 它们没有反映出Plink找到的解决方案；因此，它们不适合确认获得的Plink簇。
图6 用于12个样本的测试数据集的二进制聚类树。任务编号3。 数据转换并上传到第三方服务
在这项任务中，我们要求参与者准备基因测试数据以加载到Promethease解释系统中并分析结果。 要检查答案，有必要收集一张表格，其中包含测试数据集样本的标识符，其血型和Rh因子。
一个表格，其中包含测试数据集样本的标识符以及Promethease解释系统的检测到的血型和Rh因子。
优胜者
我们写道，我们将向那些比其他人更快解决问题的人赠送礼物。 因此，我们不仅考虑了答案的正确性，还考虑了从发布任务到收到答案的时间。 总结了完成这三个任务的时间，因此我们选择了三个最快的获胜者。
包含所有参与者结果的表格。
邮件域为ab12ab的成员，我们无法与您联系。 请在周一之前以私人讯息写信给文章作者。 否则，我们将把奖品赠送给名单上的下一位参与者。优胜者已经收到了获奖信。 剩下的，我们还有一份小礼物。 直到新年，
Atlas网站的折扣高达50％。